El Archivo Naval de Canarias es el sucesor orgánico del Archivo General de la Zona Marítima de Canarias, cuya denominación fue modificada una vez que se dispuso la supresión de las Zonas Marítimas (Real Decreto 912/2002, de 6 de septiembre, y Orden DEF/3537/2003, de 10 de diciembre).
De acuerdo con el vigente Reglamento de Archivos Militares, es uno de los cinco archivos intermedios que forman parte del Subsistema Archivístico de la Armada. Como tal, es el encargado de recibir, tratar y custodiar la documentación que le transfieren las unidades, centros y organismos de la Armada con base, o situados, en la antigua Zona Marítima de Canarias, así como la generada por los que actualmente se integran en el Mando Naval de Canarias. El Archivo también tiene a su cargo la recepción de los expedientes del personal de tropa y marinería residente en su área geográfica y que hubiese realizado el servicio militar en la Armada, cuyos expedientes le son remitidos por la Delegación de Defensa en Las Palmas y la Subdelegación de Defensa en Sta. Cruz de Tenerife.
El Archivo ocupa un inmueble de dos plantas situado en la calla Verdi, nº 15, del histórico barrio de Vegueta de la ciudad de Las Palmas de Gran Canaria, que anteriormente había sido un cuartel. En la planta baja están situados el depósito y una zona de tratamiento previo de la documentación, la sala de investigadores y la biblioteca auxiliar. En la primera planta se encuentran las zonas de dirección y administración, así como una sala de uso mixto (trabajo y depósito). El volumen de la documentación que alberga el Archivo asciende a unos 2.000 metros de estantería. Aunque alguno de los fondos arranca de las últimas décadas del siglo XIX (Cuartel General de la Zona Marítima, Comandancia y Ayudantías de Marina, Centros Provinciales de Reclutamiento), la mayor parte de la documentación tiene fechas posteriores a 1940. El Archivo custodia también, en régimen de depósito del Tribunal Militar Territorial 5º, de Santa Cruz de Tenerife, 1.507 legajos de documentación judicial referente a personal de la Armada, que cubre el intervalo 1946-1988.
En 1940 se creó, por Decreto de 12 de julio, la Comandancia General de la Base Naval de Las Palmas, hecho que dio lugar a la andadura de este Archivo. Su primer espacio físico estuvo en las propias dependencias del Arsenal de Las Palmas de Gran Canaria. Posteriormente, se trasladó a un inmueble en régimen de alquiler en la calle Grau Bassas de dicha capital. Sin embargo, problemas de espacio hicieron necesaria la búsqueda de un nuevo edificio. La solución llegó en 1997, cuando el antiguo Cuartel de Sanidad y Farmacia Militar, propiedad del Ejército de Tierra, sufrió un cambio de adscripción a favor de la Armada, pasando a llamarse Archivo General de la Zona Marítima de Canarias. Tradicionalmente, la documentación generada por los organismos y unidades de la Armada en Canarias era enviada al Archivo del Departamento de Cádiz. Por tal motivo, dicha documentación debió de perderse en el incendio que destruyó aquel archivo, en 1976. En relación con ello conviene recordar que, poco antes de ese suceso, se habían remitido desde Cádiz al Archivo General de la Marina Álvaro de Bazán, 111 legajos con la documentación de la Comandancia de Marina de Santa Cruz de Tenerife y provincia marítima de Canarias, con fechas comprendidas entre 1848-1923, lo cual evitó su desaparición. Asimismo, y complementando los fondos que custodia el Archivo Naval de Canarias, hay que mencionar que entre los fondos depositados por la Armada en el Archivo General de la Administración, en Alcalá de Henares, hay una partida de 63 legajos correspondientes a la Zona Marítima de Canarias, cuyas fechas extremas cubren el período 1936-1959.
Hasta la supresión de las Zonas Marítimas, el Archivo dependió orgánicamente del Almirante Jefe de la Zona Marítima y, a partir de entonces, y ya con su actual denominación, pasó a depender del Almirante Jefe del Mando Naval de Canarias. Desde el año 2006, tras la reorganización de la estructura del Cuartel General de la Armada, el Archivo ha quedado integrado orgánica y funcionalmente en el Órgano de Historia y Cultura Naval y directamente subordinado a la Dirección del Subsistema Archivístico de la Armada (Instrucción 45/2006, de 27 de marzo).
Fechas extremas: 1869 - 2006. Volumen: 8.320 legajos
Fechas extremas: 1879 - 2006. Volumen: 5.708 legajos.
Fechas extremas: 1952 - 2006. Volumen: 872 legajos
Fechas extremas: 1860 - 2005. Volumen: 916 legajos
Fechas extremas: 1941 - 2005. Volumen: 824 legajos
Fechas extremas: 1922 - 2004. Volumen: 3.010
Fechas extremas: 1941 - 1999. Volumen: 312 legajos
Fechas extremas: 1922 - 2004. Volumen: 2.681 legajos
Fechas extremas: 1950 - 1990. Volumen: 17 legajos
Fechas extremas: 1899 - 2000. Volumen: 2.163 legajos
Fechas extremas: 1920 - 2000. Volumen: 1.781 legajos
Fechas extremas: 1899 - 1987. Volumen: 382 legajos
Fechas extremas: 1940 - 1998. Volumen: 1.714 legajos
Fechas extremas: 1946 - 1988. Volumen: 762 legajos
Fechas extremas: 1947 - 1988. Volumen: 243 legajos
Fechas extremas: 1947 - 1986. Volumen: 12 legajos
Fechas extremas: 1947 - 1988. Volumen: 44 legajos
Fechas extremas: 1943 - 1987. Volumen: 287 legajos
Fechas extremas: 1948 - 1998. Volumen: 247 legajos
Fechas extremas: 1946 - 1992. Volumen: 35 legajos
Fechas extremas: 1959 - 1987. Volumen: 19 legajos
Fechas extremas: 1989 - 1998. Volumen: 6 legajos
Fechas extremas: 1967 - 1968. Volumen: 1 legajo
Fechas extremas: 1940 - 1998. Volumen: 58 legajos
Fechas extremas: 1962 - 1983. Volumen: 4 legajos