El solar que hoy ocupan los distintos edificios del Archivo General Militar de Guadalajara estuvo ligado desde el siglo XV al Palacio del Infantado siendo su segundo duque quien eligió ese espacio para construir sus caballerizas privadas levantadas entre 1484 y 1487 por el arquitecto Lorenzo de Trillo, que sustituyó a Juan Guas en las obras del Palacio. En el siglo XVII los Duques marchan a Madrid y nada se sabe de este solar hasta que en el siglo XVIII será ocupado por la Real Fábrica de Paños. Diversas crisis, la más grave de ellas coincidente con la Guerra de la Independencia, llevaron al cierre de la misma, cesando en 1820 la producción de paños, y aunque en 1821 la Diputación Provincial solicitó la cesión de la Fábrica para reanudar, con la ayuda del Ayuntamiento, la elaboración de paños, el proyecto también fracasó.
Una Real Orden de 13 de septiembre de 1833 ordena el traslado de la Academia de Ingenieros desde Arévalo (Segovia) a Guadalajara, que se instalará en el edificio principal e inmuebles anexos de las antiguas fábricas reales hasta febrero de 1924, fecha en que quedó destruida por un incendio, así como su biblioteca y archivo. Noventa años de permanencia en los que, salvo el período entre 1837 y 1839 en que es trasladada a Madrid por las incursiones carlistas, se consolidará como centro superior de enseñanza y marcará la vida social de la ciudad. Sobre los restos de la Academia se instalará más adelante el acuartelamiento de San Fernando (Ingenieros), cuyas instalaciones se remodelarán en 1967 para albergar un depósito documental que, como Archivo General del Ministerio en Guadalajara, descongestionará los fondos del archivo del Ministerio del Ejército en Madrid.
Al comenzar las obras de remodelación en 1967 ya conservaba el Archivo más de dos mil legajos con expedientes de reservistas que habían sido transferidos en 1966 y 1967 desde distintas Zonas de Reclutamiento. En agosto de 1969 ingresa en el Archivo parte de la documentación repatriada de Guinea Ecuatorial tras su independencia en octubre de 1968, remitida por su Comisión Liquidadora, dependiente de Presidencia de Gobierno, y que contenía básicamente expedientes de reservistas y de la Guardia Colonial de esos territorios. Desde 1970 comenzará a recibir regularmente desde todas las Zonas de Reclutamiento (desde 1986 Centros de Reclutamiento) los expedientes de reservistas o expedientes reglamentarios de tropa, que con anterioridad remitían las Zonas de Reclutamiento al archivo de Segovia.
La falta de espacio y la imposibilidad de atender en el Archivo General Militar de Segovia la documentación que se iba acumulando en sus depósitos en esas fechas, fue solucionada en parte al trasferir a Guadalajara entre 1981 y 1984 parte de la antigua Sección 7ª del archivo, más de quince mil legajos con expedientes de Zonas de Reclutamiento y Cajas de Recluta, además de dos mil legajos con expedientes del grupo de fondos de batallones disciplinarios y los expedientes de extranjeros recluidos en el Campo de Concentración de Miranda de Ebro. Entre 1981 y 1982 Guadalajara remitirá a Segovia más de cinco mil legajos con expedientes personales de generales, jefes, oficiales, asimilados y personal civil y expedientes de la Instrucción Premilitar Superior (IPS), que había recibido desde Madrid y otros centros o unidades militares del Ejército de Tierra.
En 1985 la Asesoría Jurídica del Ejército remite a Guadalajara el archivo de la Comisión Central de Examen de Penas, en agosto de 1988 se reciben los testimonios del Consejo Supremo de Justicia Militar y desde los años noventa se recibirán los expedientes personales de las UCOS disueltas (Unidades, Centros y Organismos); expedientes de mutilados fallecidos desde la Dirección General de Mutilados, y desde el año 2000 se reciben expedientes de reclusos (prisiones militares de Montjuich, Alcalá de Henares y Santa Catalina), expedientes de moros (Guardia Mora) y expedientes de europeos del Regimiento de la Guardia del Jefe del Estado (Guardia Real), expedientes procesales del Campo de Concentración La Alcazaba de Zeluán, así como el fondo de la 1ª Agrupación de Batallones Disciplinarios de Soldados Trabajadores Penados (Agrupación de Marruecos), éstos últimos transferidos en 2011 desde los Archivos Intermedios Militares de Melilla y Ceuta, en marzo y julio respectivamente.
El Archivo General Militar de Guadalajara, archivo histórico de titularidad estatal gestionado por el Ministerio de Defensa (Ejército de Tierra), fue declarado Archivo Nacional en el Real Decreto 2598/1998, de 4 de diciembre (Reglamento de archivos militares). En la actualidad ocupa cinco edificios con ocho naves o depósitos de grandes dimensiones cuyas características responden a las necesidades y usos cuarteleros: muros de gran espesor, altos techos, grandes espacios, puertas y ventanales, naves para comedor y dormitorios de tropa, picadero, cantina, almacenes, etc. Aunque se ha llevado a cabo una meritoria labor de reforma e instalación de mobiliario y estanterías móviles, conserva todavía muchos de los defectos inherentes a su vetustez y usos tradicionales.
Fechas extremas: 1763 - 1886. Volumen: 191 unidades de instalación
Fechas extremas: 1763 - 1886. Volumen: 191 unidades de instalación
Fechas extremas: 1829 - 1990. Volumen: 102.951 unidades de instalación
Fechas extremas: 1875 - 1986. Volumen: 9.839 unidades de instalación
Fechas extremas: 1829 - 1990. Volumen: 93.112 unidades de instalación
Fechas extremas: 1937 - 1980. Volumen: 2905 unidades de instalación
Fechas extremas: 1937 - 1976. Volumen: 2.305 unidades de instalación
Fechas extremas: 1939 - 1955. Volumen: 439 unidades de instalación
Fechas extremas: 1940 - 1980. Volumen: 161 unidades de instalación
Fechas extremas: 1771 - 2008. Volumen: 10015 unidades de instalación
Fechas extremas: 1861 - 2001. Volumen: 1.029 unidades de instalación
Fechas extremas: 1771 - 2008. Volumen: 8986 unidades de instalación
Fechas extremas: 1914 - 1968. Volumen: 172 unidades de instalación
Fechas extremas: 1940 - 1977. Volumen: 1.659 unidades de instalación
Fechas extremas: 1932 - 1988. Volumen: 1.296 unidades de instalación
Fechas extremas: 1910 - 2000. Volumen: 301 unidades de instalación
Fechas extremas: 1868 - 1988. Volumen: 1.994 unidades de instalación
Fechas extremas: 1928 - 1977. Volumen: 60 unidades de instalación
Fechas extremas: 1883 - 1988. Volumen: 552 unidades de instalación
Fechas extremas: 1868 - 1932. Volumen: 365 unidades de instalación
Fechas extremas: S. XIX - XX. Volumen: 982 unidades de instalación
Fechas extremas: 1937 - 1940. Volumen: 1 unidad de instalación
Fechas extremas: 1927 - 1981. Volumen: 34 unidades de instalación